Historia projektu przekopu Mierzei Wiślanej sięga drugiej połowy XVI wieku i panowania króla Stefana Batorego. Obejmując tron Rzeczypospolitej musiał on od razu zmierzyć się z buntem Gdańska. Było to w owym czasie największe i najpotężniejsze gospodarczo miasto Królestwa Polskiego. Od powrotu do Korony po Wojnie 13-letniej z Krzyżakami (1454-1466) Gdańsk czerpał olbrzymie zyski z polskiego handlu wiślanego. Niestety zwykła chciwość szybko pchnęła Gdańszczan przeciwko Polsce i już w pierwszej połowie XVI wieku zaczęli oni sprawiać problemy naszej polityce morskiej. Pewną rolę odegrały też różnice etniczne (dominacja Niemców) i kulturowe (większość protestancka). Po śmierci ucieczce króla Henryka Walezego (1574) Gdańsk poparł kandydaturę cesarza Maksymiliana II Habsburga. Kiedy rok później cesarz zmarł, a na króla koronował się Stefan Batory Gdańszczanie podnieśli otwarty bunt. Dodatkowym czynnikiem zapalnym okazał się projekt wprowadzenia „Statutów Karnkowskiego” – korzystnych dla państwa, ale ograniczających wszechwładzę gdańskich patrycjuszy. Wojna z potężnym miastem trwała dwa lata. Armia Gdańska została zniszczona w bitwie pod Lubiszewem Tczewskim 17 kwietnia 1577 r. Oblężenie bardzo silnie ufortyfikowanego miasta przeciągało się jednak … i to właśnie wtedy podniesiono projekt uczynienia z Elbląga głównego portu Rzeczypospolitej poprzez wykonanie przekopu Mierzei Wiślanej. Kto wie, co by z tego wyszło …. gdyby król i Gdańsk w końcu nie doszli do porozumienia. Batoremu, planującemu już wojnę z Moskwą bardzo przeszkadzała kosztowna wojna z największym portem Królestwa. Gdańszczanie też zrozumieli, że w polu i tak nie wygrają, a przedłużanie konfliktu grozi im ruiną gospodarczą …. tym bardziej wobec planu przekopu Mierzei i przejęcia handlu wiślanego przez Elbląg. Ostatecznie Gdańsk ukorzył się i uznał Batorego, a król zrezygnował z wprowadzenia „Statutów Karnkowskiego”. Elbląg w tej sytuacji na prawie pięć stulecia pożegnał się ze swoją szansą a Rzeczpospolita z projektem przekopu Mierzei Wiślanej.
Podpis: Panorama Gdańska w 2 poł. XVI wieku. Akwaforta nieznanego autora.